• 2014 г. – Открыт новый класс аналогов нуклеиновых кислот, содержащих вместо природной межнуклеотидной фосфодиэфирной группы фосфорилгуанидиновую группу [Стеценко Д.А., Наука в мире. 2015; Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Наука из первых рук, 2014; Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., Стеценко Д.А., Acta Naturae, 2014]. Обоснована перспективность фосфорилгуанидиновых олигонуклеотидов как потенциальных терапевтических агентов для контроля экспрессии генов. Разработан эффективный метод химического синтеза аналогов и производных нуклеиновых кислот на основе реакции Штаудингера [Стеценко Д.А., Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., заявка PCT/RU2014/000647; Стеценко Д.А., Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., заявка на патент РФ № 2014134380; Стеценко Д.А., Купрюшкин М.С., заявка на патент РФ № 2014134383; Стеценко Д.А., Купрюшкин М.С., Пышный Д.В., заявка на патент РФ №2014117293].
• 2011 г. – Разработан метод доставки олигодезоксирибонуклеотидов, олиго-2’-O-метилрибонуклеотидов, малых интерферирующих РНК, пептидных нуклеиновых кислот (PNA) и нуклеозидтрифосфатов в клетки с использованием наночастиц (Levina A. et al., J. Nanosci. Nanotechnol., 2012, 12, 1812–1820). Созданы антивирусные нанокомпозиты, состоящие из наночастиц двуокиси титана, полилизина и антисмысловых олигодезоксирибонуклеотидов, малотоксичные для клеток (терапевтический индекс ≈ 1200) и подавляющие репликацию вируса гриппа А на 99.99% (Levina A. S. et al., Sci. Rep., 2012, 2, а756).
• 2005–2010 гг. – Предложен и разработан оригинальный подход к повышению эффективности и селективности комплементарно-адресованного взаимодействия коротких олигонуклеотидов с помощью олигонуклеотидов-эффекторов. В основе подхода лежит использование тандема коротких олигонуклеотидов и тандемов, «сшитых» ненуклеотидным спейсером (мини-зондов). С использованием предложенного подхода разработаны тест-системы для выявления и генотипирования вируса гепатита С. Предложенные мини-зонды являются перспективными инструментами для детекции, генотипирования и выявления лекарственно резистентных форм вирусов. Способ по надежности и экономичности не имеет аналогов в отечественной и зарубежной практике. С использованием разработанной концепции выявления значимых однонуклеотидных замен (SNP) с помощью составных и сшитых тандемов коротких олигонуклеотидов проведено генотипирование Y хромосомы (Skobeltsyna L. M., Pyshnyi D. V., Ivanova E. M., Stepanov V. A., Puzyrev V. P., Dymshits G. M., Kharkov V. N., Zarytova V. F., Mol. Biotechnol., 2010, 45, 1–8).
• 1988–1999 г. – Разработан эффективный и простой метод введения группировок различной химической природы по концевым фосфатам незащищенных олигонуклеотидов как дезоксирибо-, так и рибо-ряда и их аналогов с использованием модифицированной реакции Мукаямы с трифенилфосфином и дипиридилдисульфидом в присутствии нуклеофильного катализатора 4-диметиламинопиридина (Годовикова Т. С., Зарытова В. Ф., Халимская Л. М., Биоорг. Хим., 1986, 12(4), 475–481). С использованием разработанного метода впервые предложены и получены холестериновые производные олигонуклеотидов (Биченков Е. Е., Будкер В. Г., Зарытова В. Ф., Иванова Е. М., Лохов С. Г., Савченко Е. В., Теплова Н. М., Биол. мембраны, 1988, 5(7), 735–741; Boutorin A. S., Gus’kova L. V., Ivanova E. M., Kobetz N. D., Zarytova V. F., Ryte A. S., Yurchenko L. V., Vlassov V. V., FEBS Lett., 1989, 254(1-2), 129–132), и продемонстрирована их способность проникать в клетки с большей эффективностью по сравнению с другими производными олигонуклеотидов. Создан широкий спектр новых производных олигонуклеотидов с различными химическими группировками: алкилирующими (хлорэтиламины), «фотосшивающими» (арилазиды), стабилизирующими (феназиний), деструктурирующими (блеомицин), усиливающими проникновение в клетки (холестерин) и пр., которые были использованы для комплементарно-адресованной модификации нуклеиновых кислот и аффинной модификации белков. За цикл работ по созданию биологически-активных производных олигонуклеотидов сотрудники лаборатории А. Г. Веньяминова, В. Ф. Зарытова и Е. М. Иванова совместно с В. В. Власовым, Д. М. Грайфером, Г. Г. Карповой, Г. А. Невинским и Л. А. Якубовым были в 1999 году удостоены Государственной премии Российской Федерации.
• 1973–1988 гг. – В. Ф. Зарытовой и Д. Г. Кнорре была впервые изучена роль нуклеофильного катализа производными пиридина при синтезе олигонуклеотидов фосфотриэфирным методом и других реакциях фосфорилирования (Зарытова В.Ф., Иванова Е.М., Кнорре Д.Г., Лебедев А.В., Резвухин А.И., Ярмолинская Е.В., Докл. АН ССР, 1979, 248(5), 1124–1127; Зарытова В.Ф., Иванова Е.М., Кнорре Д.Г., Форбрюгген Х., Докл. АН СССР, 1980, 255(5), 1128–1131). За цикл работ по исследованию механизма реакций фосфорилирования В. Ф. Зарытова и Д. Г. Кнорре в 1988 г. были удостоены премии имени М. М. Шемякина.

• 1967 г. – Н. И. Гриневой была впервые сформулирована концепция комплементарно-адресованной модификации нуклеиновых кислот Belikova A.M., Zarytova V.F., Grineva N.I., Tetrahedron Lett., 1967, 8(37), 3557–3562; DOI, заложившая основу нового направления в терапии – антисмысловой (antisense) технологии. Получено международное признание приоритета Гриневой и соавт. в разработке основ антисмысловой технологии (2000 г.). За цикл работ по комплементарно-адресованной модификации нуклеиновых кислот Н. И. Гринева совместно с Д. Г. Кнорре, Р. И. Салгаником и З. А. Шабаровой была награждена Ленинской премией (1990 г.).

Базовые проекты

• ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.1.3, 0309-2016-0005 «Терапевтические нуклеиновые кислоты» (2017-2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• РНФ № 23-24-00184 «Подавление репликации вируса герпеса in vitro с помощью антисмысловых олигонуклеотидов, доставленных в клетки с помощью наночастиц аминосиланола»

1. Amphiphilic Oligonucleotide Derivatives as a Tool to Study DNA Repair Proteins. Khodyreva S.N., Yamskikh A.A., Ilina E.S., Kutuzov M.M., Belousova E.A., Kupryushkin M.S., Zharkov T.D., Koval O.A., Zvereva S.P., Lavrik O.I. International Journal of Molecular Sciences. 2025. V.26. N15. 7078. DOI: 10.3390/ijms26157078
2. Противовирусная активность модифицированных олигонуклеотидов в лимфоидных клетках человека, инфицированных ВИЧ‐1. Готфрид Л.Г., Павлова А.С., Купрюшкин М.С., Пышная И.А., Гашникова Н.М. Юг России: экология, развитие. 2024. Т. 19. № 4. C. 57‐67. DOI: 10.18470/1992‐1098‐2024‐4‐5
3. Extracellular vesicle mimetics as delivery vehicles for oligonucleotide-based therapeutics and plasmid DNA. Oshchepkova A.L., Chernikov I.V., Miroshnichenko S.K., Patutina O.A., Markov O.V., Savin I.A., Meschaninova M.I., Zhukov S., Kupryushkin M.S., Maslov M.A., Sen’kova A.V., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L., Zenkova M.A. Front. bioengin. and Biotech. 2024. V. 12. P. 1-18. DOI: 10.3389/fbioe.2024.1437817
4. Неагломерированные олигонуклеотид-содержащие нанокомпозиты на основе наночастиц диоксида титана. Репкова М.Н., Мазурков О.Ю., Филиппова Е.И., Мазуркова Н.А., Полетаева Ю.Е., Рябчикова Е.И., Зарытова В.Ф., Левина А.С. Биоорганическая химия. 2024. Т. 50. № 6. С. 862-870. DOI: 10.31857/S0132342324060128
5. Effect of modification of siRNA molecules delivered with aminopropylsilanol nanoparticles on suppression of A/H5N1 virus in cell culture. Repkova M.N., Mazurkov O.Yu., Filippova E.I., Procenko M.A., Mazurkova N.A., Meschaninova M.I., Levina A.S., Zarytova V.F. Biochim. Biophys. Acta — General Subjects. 2024. V. 1868. N 12. P. 130727. DOI: 10.1016/j.bbagen.2024.130727
6. Нанокомпозиты, состоящие из наночастиц диоксида титана, антисмысловых олигонуклеотидов и фотоактивируемых групп, как агенты для эффективного воздействия на нуклеиновые кислоты. Левина А.С., Репкова М.Н., Мазурков О.Ю., Макаревич Е.В., Мазуркова Н.А., Зарытова В.Ф. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024. Т. 101. № 1. С.127-132. DOI: 10.36233/0372-9311-456
7. Substantial antiviral potential of deoxyribozymes fixed on anatase nanoparticles against influenza A viruses in vitro and in vivo. Levina A.S., Repkova M.N., Netesova N.A., Ternovoi V.A., Mazurkov O.Yu., Filippova E., Mazurkova N.A., Zarytova V.F. Journal of Pharmaceutical Sciences. 2024. V. 113. N 5. P. 1202-1208. DOI: 10.1016/j.xphs.2023.10.028
8. Influence of Combinations of Lipophilic and Phosphate Backbone Modifications on Cellular Uptake of Modified Oligonucleotides. Zharkov T.D., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Molecules. 2024. V. 29. N. 2. P. 452. DOI: 10.3390/molecules29020452
9. Effect of the Phosphoryl Guanidine Modification in Chimeric DNA–RNA crRNAs on the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro. Prokhorova D.V., Kupryushkin M.S., Zhukov S., Zharkov T.D., Dovydenko I.S., Yakovleva K.I., Pereverzev I.M., Matveeva A.M., Pyshnyi D.V., Stepanov G.A. ACS Chem. Biol. 2024. V. 19. N 6. P. 1311-1319. DOI: 10.1021/acschembio.4c00147
10. Application of Iodine-Amine Oxidation Approach in the Synthesis of Various N-Alkyl Phosphoramidate Oligonucleotide Derivatives. Nekrasov M.D., Pyshnyi D.V., Kupryushkin M.S. Medicinal Chemistry. 2024. V. 21. № 3. P. 229 — 238. DOI: 10.2174/0115734064325532241002105426
11. An Approach to Identifying Single-Nucleotide Mutations Using Noncovalent Associates of Gold Nanoparticles with Fluorescently Labeled Oligonucleotides. Epanchintseva A.V., Gorbunova E.A., Nekrasov M.D., Poletaeva Y., Pyshnaya I.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. P. 13230. DOI: 10.3390/ijms252413230
12. Селективное подавление репликации вируса гриппа A/H5N1 in vitro с помощью нанокомплексов, состоящих из siRNA и наночастиц аминопропилсиланола. Репкова М.Н., Левина А.С., Мазурков О.Ю., Макаревич Е.В., Филиппова Е.И., Мазуркова Н.А., Зарытова В.Ф. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024. Т. 101. № 6. С. 794–802. DOI: 10.36233/0372-9311-575
13. Эффективное ингибирование репликации вируса простого герпеса 1-го типа in vitro с помощью олигонуклеотид-содержащих нанокомпозитов. Репкова М.Н., Зарытова В.Ф., Мазурков О.Ю., Мазуркова Н.А., Макаревич Е.В., Филиппова Е.И., Некрасов М.Д., Купрюшкин М.С., Левина А.С. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2024. Т. 74. № 4. С. 338–345. DOI: 10.55959/MSU0137-0952-16-79-4-14
14. Non-agglomerated oligonucleotide-containing nanocomposites based on titanium dioxide nanoparticles. Repkova M.N., Mazurkov O.Yu., Filippova E.I., Mazurkova N.A., Poletaeva Y., Ryabchikova E.I., Zarytova V.F., Levina A.S. Russ. J. Bioorganic Chem. 2024. V. 50. N 6. P. 1–10. DOI: 10.1134/S1068162024060384 перевод
15. Selective suppression of influenza A/H5N1 virus replication in vitro using nanocomplexes consisting of siRNA and aminopropylsilanol nanoparticles. Repkova M.N., Levina A.S., Mazurkov O.Ju., Makarevich E.V., Filippova E.I., Mazurkova N.A., Zarytova V.F. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024. V. 101. N 6. P. 794–801. DOI: 10.36233/0372-9311-575. перевод
16. Олигонуклеотид-содержащие нанокомпозиты на основе наночастиц аминопропилсиланола. L-Journal «Тенденции развития науки и образования». Репкова М.Н., Зарытова В.Ф., Филиппова Е.И., Левина А.С. Тенденции развития науки и образования. 2024. С. 135–140. DOI: 10.18411/trnio-12-2024-749
17. The Lipophilic Purine Nucleoside—Tdp1 Inhibitor—Enhances DNA Damage Induced by Topotecan In Vitro and Potentiates the Antitumor Effect of Topotecan In Vivo. Chernyshova I.A., Zakharenko A.L., Kurochkin N.N., Dyrkheeva N.S., Kornienko T.E., Popova N.A., Nikolin V.P., Ilina E.S., Zharkov T.D., Kupryushkin M.S., Oslovsky V.E., Drenichev M.S., Lavrik O.I. Molecules. 2023. V. 28. N 1. P. 323. DOI: 10.3390/molecules28010323
18. Комплексы и высокомолекулярные ассоциаты додецил-содержащих олигонуклеотидов с сывороточным альбумином. Павлова А.С., Илющенко В.В., Купрюшкин М.С., Жарков Т.Д., Дюдеева Е.С., Бауэр И.А., Чубаров А.С., Пышный Д.В., Пышная И.А. Биохимия. 2023. V. 88. N 8. С. 1423 – 1440. DOI: 10.31857/S0320972523080109
19. Fork- and Comb-like Lipophilic Structures: Different Chemical Approaches to the Synthesis of Oligonucleotides with Multiple Dodecyl Residues. Zharkov T.D., Mironova E.M., Markov O.V., Zhukov S., Khodyreva S.N., Kupryushkin M.S. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 19. P. 14637. DOI: 10.3390/ijms241914637
20. Complexes and Supramolecular Associates of Dodecyl-Containing Oligonucleotides with Serum Albumin. Pavlova A.S., Iliusenko V.V., Kupryushkin M.S., Zharkov T.D., Dyudeeva E., Bauer I.A., Chubarov A.S., Pyshnyi D.V., Pyshnaya I.A. Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. P. 1165-1180. DOI: 10.1134/S0006297923080102. перевод
21. Олигорибонуклеотид-содержащие нанокомплексы на основе наночастиц аминосиланола как эффективные ингибиторы вируса гриппа А. Репкова М.Н., Мазурков Е.И., Филиппова М.А., Проценко Н.А., Мазуркова Н.А., Челобанов Б.П., Левина А.С., Зарытова В.Ф. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2023. Т. 78. № 4. С. 267–272. DOI: 10.55959/MSU0137-0952-16-78-4-8
22. Терапевтические нуклеиновые кислоты против вирусов простого герпеса. Левина А.С., Репкова М.Н., Зарытова В.Ф. Биоорганическая химия. 2023. Т. 49. № 6. С. 591-610. DOI: 10.31857/S013234232306009X
23. Therapeutic Nucleic Acids against Herpes Simplex Viruses. Levina A.S., Repkova M.N., Zarytova V.F. Биоорганическая химия. 2023. V. 49. N 6. P. 1–20. DOI: 10.1134/S107036322212 перевод
24. Self-Penetrating Oligonucleotide Derivatives: Features of Self-Assembly and Interactions with Serum and Intracellular Proteins. Bauer I.A., Ilina E.S., Zharkov T.D., Grigoryeva E.V., Chinak O.A., Kupryushkin M.S., Golyshev V.M., Mitin D.E., Chubarov A.S., Khodyreva S.N., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 12. P. 2779. DOI: 10.3390/pharmaceutics15122779
25. Oligoribonucleotide-containing nanocomplexes based on aminopropylsilanol nanoparticles as effective inhibitors of influenza A virus replication. Repkova M.N., Mazurkov O.Yu., Filippova E.I., Procenko M.A., Mazurkova N.A., Chelobanov B.P., Levina A.S., Zarytova V.F. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2023. V. 78. N 4. P. 249-254. DOI: 10.3103/s0096392524600431.перевод

1. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ ТРИФОСФАТА АЗИДОТИМИДИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Васильева С.В., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Сильников В.Н., Мазуркова Н., Зарытова В.Ф. 2015 № 2563171.
2. РНК-АПТАМЕР, ОБЛАДАЮЩИЙ СПОСОБНОСТЬЮ УЗНАВАТЬ ХАРАКТЕРНЫЕ ДЛЯ РАССЕЯННОГО СКЛЕРОЗА АУТОАНТИТЕЛА. Фокина А.А., Воробьева М.А., Тимошенко В.В., Поповецкая А.С., Невинский Г.А., Веньяминова А.Г. 2015г. № 2549704.
3. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Королева Л.С., Яринич Л.А. 2014 г. № 2532328
4. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ НУКЛЕОЗИДТРИФОСФАТОВ В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Васильева С.В., Сильников В.Н., Шацкая Н.В., Репкова М.Н. 2014 г. № 2527681.
5. СРЕДСТВО, ПРОЯВЛЯЮЩЕЕ ПРОТИВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ ДНК- ВИРУСОВ. Федорова А.А., Гончарова Е.П., Буракова Е.А., Сильников В.Н., Власов В.В., Зенкова М.А. 2013 г. № 2487876
6. НАНОКОМПОЗИТ С АКТИВНЫМ ЛИГАНДОМ, СПОСОБ ЕГО ПРИГОТОВЛЕНИЯ И СПОСОБ АДРЕСНОЙ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСА ГРИППА ВНУТРИ КЛЕТКИ. Зарытова В.Ф., Исмагилов Зинфер Ришатович, Левина А.С., Репкова М.Н., Шикина Надежда Васильевна, Загребельный С.Н., Мазуркова Н.А.2013 г. № 2496878.
7. НОВЫЕ ТИПЫ МОДИФИЦИРОВАННЫХ НУКЛЕОТИДОВ С ЗАМЕЩЕННОЙ ФОСФАТНОЙ ГРУППОЙ И МЕТОД ИХ ПОЛУЧЕНИЯ. «Ноу-хау» (Секрет производства). Стеценко Д.А., Пышный Д.В., Купрюшкин М.С. 2013 г.
8. НАНОКОМПОЗИТЫ ДИОКСИДА ТИТАНА ДЛЯ ИНАКТИВАЦИИ ВИРУСНОГО ГЕНОМА ВНУТРИ КЛЕТОК, СПОСОБ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ. Исмагилов З.Р., Шикина Н.В., Пармон В.Н., Зарытова В.Ф., Левина А.С., Репкова М.Н., Беланов Е.Ф., Зиновьев В.В., Малыгин Э.Г., Загребельный С.Н., Байбородин С.И., Нетесов С.В., Евдокимов А.Н. 2012 г. № 2444571.
9. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ НАНОРАЗМЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДОСТАВКИ АНТИБИОТИКОВ РЯДА БЛЕОМИЦИНА В КЛЕТКИ МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Репкова М.Н., Шацкая Н.В., Исмагилов З.Р., Шикина Н. В.2012 г. № 2458705.
10. СРЕДСТВО, ОБЛАДАЮЩЕЕ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ. Сильников В.Н., Буракова Е.А., Глотова Т.И., Глотов А.Г., Репин В.Е. 2012 г. № 2443705.
11. СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ ВИРУСНОГО ГЕПАТИТА С И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПА ВИРУСА. Шопаева Г.А., Бейсембаева Ш.А., Пышная И.А., Дмитриенко Е.В., Зарытова В.Ф., Пышный Д.В. № 2010 № 22681.
12. ПРОИЗВОДНЫЕ N-ЗАМЕЩЕННОГО 1,4-ДИАЗАБИЦИКЛО-[2.2.2]-ОКТАНА, ПРОЯВЛЯЮЩИЕ ПРОТИВОВИРУСНУЮ АКТИВНОСТЬ В ОТНОШЕНИИ РНК-ВИРУСОВ. Буракова Е.А., Власов В.В., Гончарова Е.П., Зенкова М.А., Ковалев Н.А., Ковпак М.П., Сильников В.Н., Тамкович Н.В. 2010 г. № 2399669.
13. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СОЛЕЙ 5′-ТРИФОСФАТОВ ДЕЗОКСИРИБО- И РИБООЛИГОНУКЛЕОТИДОВ. Абрамова Т.В., Васильева С.В., Серпокрылова И.Ю., Власов В.В., Сильников В.Н. 2008 г. № 2326888
14. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В ИЗВЕСТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ. Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Дымшиц Г.М., Зарытова В.Ф. 2005 № 2247781.
15. СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ АНАЛИЗИРУЕМОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК. Пышный Д.В., Иванова Е.М., Пышная И.А., Зарытова В.Ф. 2005 г. № 2259402
16. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ ДНК-ЧИПОВ. Зарытова В.Ф., Левина А.С., Михалева Е.А. 2004 г. № 2236467

• Синтезатор олигонуклеотидов ASM-800 («Биоссет», Россия).
• Пептидный синтезатор PS3 (Protein Technologies, США).
• Хроматограф ЖХВД Waters 600E (США).
• Спектрофотометр Nanodrop 2000c (Thermo Scientific, США).
• Спектрофотометр Shimadzu UV-1800 (Japan)
• Вакуумный концентратор SpeedVac DNA1200OP (Thermo Scientific, США).