• Изучены процессы регенерации участка повреждения кости нижней челюсти крыс после введения в дефект суспензии аутологичных мезенхимальных стволовых клеток костномозгового происхождения (МСК) в культуральной среде. После применения МСК в костной мозоли значительно раньше формируются структуры красного костного мозга, чем при естественном ходе репарации. Указанные изменения прогрессируют в течение всего времени наблюдения и являются свидетельством ускоренного развития процессов восстановления целостности костной ткани. [Майбородин И.В. и др., Кл. технологии в биологии и мед. 2011. 3, 123; 2011. 4, 215; Maiborodin I. et al., Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2011. 152(1), 112].
• С использованием аутологичных мезенхимальных стволовых клеток костномозгового происхождения (МСК) с трансфицированным геном GFP изучены процессы формирования рубца маточного рога у крыс. Через 1 неделю после введения МСК в сформированный рубец справа (2 месяца после перевязки) в нем присутствовали крупные группы кровеносных сосудов с форменными элементами крови внутри, такие группы сосудов не были найдены в рубце рога на противоположной стороне. При исследовании неокрашенных срезов в отраженном ультрафиолетовом свете было обнаружено достаточно яркое свечение в эндотелии и наружной оболочке сосудов рубца маточного рога только на стороне инъекции МСК. Сделано заключение, что после введения в рубец МСК они формируют кровеносные сосуды за счет дифференцировки в эндотелиоциты и перициты. Экспрессия гена GFP не только в эндотелии сосудов, но и в их наружных оболочках указывает на то, что возможно дифференцирование МСК, как в эндотелиальном, так и в перицитарном направлениях. [Майбородин И.В. и др., Морфология. 2010. 138(6), 47; Майбородин И.В. и др., Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2010. 150(12), 705; Maiborodin I. et al., J. Biomedical Science and Engineering. 2011. 4(3), 164].
• Исследована реакция тканей крыс через различное время после интраперитонеальной имплантации материалов из биодеградируемых полигидроксиалканоатов (ПГА). Найдено, что после имплантации ПГА в брюшную полость начинается активный спаечный процесс, приводящий к формированию фиброзных спаек между ПГА и петлями кишечника. На фоне использования ПГА в виде пленок происходит его инкапсуляция толстой фиброзной капсулой. В результате имплантации ПГА в состоянии ультратонких волокон образуются обширные гранулемы инородного тела с перифокальным воспалением и склерозом окружающих тканей. В этих гранулемах происходит фрагментирование полимера и фагоцитоз макрофагами с формированием гигантских клеток инородных тел. Материалы, приготовленные из ПГА, не являются биодеградируемыми и ведут себя в тканях живого организма точно так же, как другие инородные тела. [Майбородин И.В. и др., Морфология. 2010. 139(2), 62].
• Разработан способ лечения кожных стрий на основе клеточных технологий. [Шевела А.И. и др., Патент РФ № 2407555, 2009 г.].
• Доказано, что аутологичные мультипотентные мезенхимальные стволовые клетки костномозгового происхождения участвуют в восстановлении тканевого кровотока в микрорайоне тромбированной магистральной вены через реканализацию тромба или через облитерацию тромбированных сосудов и прорастание новых. [Майбородин И.В. и др., Флебология. 2012; Майбородин И.В. и др., Морфология, 2012].

Базовые проекты

• «Синтетическая биология: разработка средств манипуляции генетическим материалом и создание перспективных препаратов для терапии и диагностики» ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.1.5, 0309-201x-0003 (2017-2020 гг.)
• Блок: Молекулярно-генетическое разнообразие микробных сообществ в экстремальных экосистемах. Проект: «Исследование биологических процессов, ассоциированных с экстремофильными микроорганизмами: биоразнообразие, биогеотехнологический потенциал» (координатор Жмодик С.М.) КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0016) (2018-2020 гг.)
• «Биологические эффекты бактериофагов в организме млекопитающих». ПФИ РАН по приоритетному направлению I.42 (ФИМТ)(2018-2020 гг.)

Российский научный фонд

• № 19-74-30011 лаб_мир «Терапевтические нуклеиновые кислоты для регуляции процессов воспаления, метастазирования и управления иммунитетом» (2019-2022 гг.).
• № 18-74-00082 мол «Перенос вирусного сообщества при трансплантации нормальной кишечной микробиоты пациентам с хроническими заболеваниями кишечника: метагеномный анализ» (2018-2020 гг.).

Гранты Российского фонда фундаментальных исследований

• № 18-29-07073 мк «Разработка универсальной стратегии селективного ингибирования сплайсинга с помощью редактирования генов малых ядрышковых РНК» (2018 — 2021 гг.)
• № 17-00-00210 комфи «Изучение механизмов аутоиммунной нейродегенерации и воздействия иммуномодулирующих препаратов при рассеянном склерозе с помощью транскриптомного и метагеномного анализов». (2018 — 2020 гг.)

1. Transgenic iPSC Lines with Genetically Encoded MitoTimer to Study Mitochondrial Biogenesis in Dopaminergic Neurons with Tauopathy. Nadtochy J.A., Medvedev S.P., Grigoryeva E.V., Pavlova S.V., Minina J.M., Chechushkov A.V., Malakhova A.A., Kovalenko L.V., Zakiyan S.M. Biomedicines. 2025. V. 13. N 3. P. 550. DOI: 10.3390/biomedicines13030550
2. IPSC-Derived Astrocytes Contribute to In Vitro Modeling of Parkinson’s Disease Caused by the GBA1 N370S Mutation. Yarkova E.S., Grigoryeva E.V., Medvedev S.P., Pavlova S.V., Zakiyan S.M., Malakhova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 327. DOI: 10.3390/ijms25010327
3. A Knockout of Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1 in a Human Cell Line: An Influence on Base Excision Repair Reactions in Cellular Extracts. Khodyreva S.N., Ilina E.S., Dyrkheeva N.S., Kochetkova A.S., Yamskikh A.A., Maltseva E.A., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Lavrik O.I. Cells. 2024. V. 13. N 4. P. 302. DOI: 10.3390/cells13040302
4. A HGF Mutation in the Familial Case of Primary Lymphedema: A Report. Koksharova G., Kokh N.V., Gridina M., Khapaev R., Nimaev V., Fishman V.S. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N. 10. P. 5464. DOI: 10.3390/ijms25105464
5. Transcriptomic analysis of HEK293A cells with a CRISPR/Cas9-mediated TDP1 knockout. Dyrkheeva N.S., Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Okorokova L.S., Shtokalo D.N., Medvedev S.P., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Lavrik O.I. Biochim. Biophys. Acta — General Subjects. 2024. V. 1868. N 7. P. 130616. DOI: 10.1016/j.bbagen.2024.130616
6. Generation of iPSCs from a Patient with the M694V Mutation in the MEFV Gene Associated with Familial Mediterranean Fever and Their Differentiation into Macrophages. Grigoryeva E.V., Karapetyan L.V., Zakiyan S.M., Arakelyan A., Zakharyan R. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 11. P. 6102. DOI: 10.3390/ijms25116102
7. Studying Pathogenetic Contribution of a Variant of Unknown Significance, p.M659I (c.1977G > A) in MYH7, to the Development of Hypertrophic Cardiomyopathy Using CRISPR/Cas9-Engineered Isogenic Induced Pluripotent Stem Cells. Pavlova S.V., Shulgina А.Е., Zakiyan S.M., Dementyeva E.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N. 16. P. 8695. DOI: 10.3390/ijms25168695
8. Возможность использования донор-специфической бесклеточной ДНК как биомаркера для оценки функции почечного трансплантата. Субботина Т.Н., Курочкин Д.В., Шевченко А.И., Хлобыстин Р.Ю., Якименко О.Н., Наговицына Р.Ю., Оскорбин И.П., Воронина Е.Н., Филипенко М.Л. Клиническая и экспериментальная хирургия. Журнал имени академика Б.В. Петровского. 2024. Т. 12. № 2 (44). С. 13-20. DOI: 10.33029/2308-1198-2024-12-2-13-20
9. Молекулярно-генетический анализ персональных культур клеток увеальной меланомы. Жильникова М.В., Атаманов В.В., Зверева С.П., Гайнер Т.А., Боярских У.А., Станишевская О.М., Черных Д.В., Кононова Н.В., Коваль О.А. Офтальмохирургия. 2024. V. 2S. № 140. С. 63–71. DOI: 10.25276/0235-4160-2024-2S-63-71
10. Создание и характеристика двух линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ICGi052-A и ICGi052-B) от пациента с лобно-височной деменцией с паркинсонизмом-17, ассоциированной с патологическим вариантом c.2013T>G в гене MAPT. Григорьева Е.В., Малахова А.А., Яркова Е.С., Минина Ю.М., Вяткин Ю.В., Надточий Ю.А., Хабарова Е.А., Рзаев Дж.А., Медведев С.П., Закиян С.М. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2024. Т. 28. № 7. С. 679-687. DOI: 10.18699/vjgb-24-76
11. first_pagesettingsOrder Article Reprints Open AccessBrief Report Generation of Isogenic iPSC Lines for Studying the Effect of the p.N515del (c.1543_1545delAAC) Variant on MYBPC3 Function and Hypertrophic Cardiomyopathy Pathogenesis. Pavlova S.V., Shulgina А.Е., Minina J.M., Zakiyan S.M., Dementyeva E.V. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 23. P. 12900. DOI: 10.3390/ijms252312900
12. Transcriptomic Analysis of CRISPR/Cas9-Mediated PARP1-Knockout Cells under the Influence of Topotecan and TDP1 Inhibitor. Dyrkheeva N.S., Malakhova A.A., Zakharenko A.L., Okorokova L.S., Shtokalo D.N., Pavlova S.V., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Nushtaeva A.A., Tupikin A.E., Kabilov M.R., Khodyreva S.N., Luzina O.A., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 6. P. 5148. DOI: 10.3390/ijms24065148
13. Создание линии индуцированных плюрипотентных стволовых клеток ICGi042-A с помощью репрограммирования мононуклеарных клеток периферической крови пациента с болезнью Паркинсона, ассоциированной с мутацией c.1000G>A в гене LRRK2. Григорьева Е.В., Павлова С.В., Малахова А.А., Медведев С.П., Минина Ю.М., Вяткин Ю.В., Хабарова Е.А., Рзаев Д.А., Коваленко Л.В., Закиян С.М. Онтогенез. 2023. Т. 54. № 1. С. 87-95. DOI: 10.31857/S0475145023010068
14. Линия индуцированных плюрипотентных стволовых клеток ICGi023-A, полученная от пациента с полиморфизмами в генах LRRK2 и PINK1, ассоциириванными с болезнью Паркинсона. Малахова А.А., Павлова С.В., Григорьева Е.В., Медведев С.П., Минина Ю.М., Вяткин Ю.В., Хабарова Е.А., Рзаев Д.А., Коваленко Л.В., Закиян С.М. Онтогенез. 2023. Т. 54. № 1. С. 96-104. DOI: 10.31857/S047514502301007X
15. “Pulsed Hypoxia” Gradually Reprograms Breast Cancer Fibroblasts into Pro-Tumorigenic Cells via Mesenchymal–Epithelial Transition. Nushtaeva A.A., Ermakov M., Abdurakhmanova M.M., Troitskaya O.S., Belovezhets T.N., Varlamov M., Gayner T.A., Richter V.A., Koval O.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 3. P. 2494. DOI: 10.3390/ijms24032494
16. Нокаут по гену PARP1 подавляет экспрессию генов эксцизионной репарации оснований ДНК. Захаренко А.Л., Малахова А.А., Дырхеева Н.С., Окорокова Л.С., Медведев С.П., Закиян С.М., Кабилов М.Р., Тупикин А.Е., Лаврик О.И. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. Т. 510. № 1. С. 219-224. DOI: 10.31857/S2686738922600959
17. PARP1 gene knockout suppresses expression of DNA base excision repair genes. Zakharenko A.L., Malakhova A.A., Dyrkheeva N.S., Okorokova L.S., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Kabilov M.R., Tupikin A.E., Lavrik O.I. Доклады Академии Наук (науки о жизни). 2023. V. 508. N 1. P. 6-11. DOI: 10.1134/S1607672922700028 перевод
18. Usnic Acid Derivatives Inhibit DNA Repair Enzymes Tyrosyl-DNA Phosphodiesterases 1 and 2 and Act as Potential Anticancer Agents. Zakharenko A.L., Dyrkheeva N.S., Luzina O.A., Filimonov A.S., Mozhaitsev E.S., Malakhova A.A., Medvedev S.P., Zakiyan S.M., Salakhutdinov N.F., Lavrik O.I. Genes. 2023. V. 14. N 10. P. 1931. DOI: 10.3390/genes14101931
19. Оценка вклада полиморфизмов гена UGT1A в развитие желчнокаменной болезни. Шрайнер Е.В., Хавкин А.И., Новикова М.С., Кох Н.В., Денисов М.Ю., Лифшиц Г.И. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2023. Т. 218. № 10. С. 133–138. DOI: 10.31146/1682-8658-ecg-218-10-133-138
20. Self-Penetrating Oligonucleotide Derivatives: Features of Self-Assembly and Interactions with Serum and Intracellular Proteins. Bauer I.A., Ilina E.S., Zharkov T.D., Grigoryeva E.V., Chinak O.A., Kupryushkin M.S., Golyshev V.M., Mitin D.E., Chubarov A.S., Khodyreva S.N., Dmitrienko E.V. Pharmaceutics. 2023. V. 15. N 12. P. 2779. DOI: 10.3390/pharmaceutics15122779
21. Mutant-Huntingtin Molecular Pathways Elucidate New Targets for Drug Repurposing. Makeeva V.S., Dyrkheeva N.S., Lavrik O.I., Zakiyan S.M., Malakhova A.A. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 23. P. 16798. DOI: 10.3390/ijms242316798
22. Внедрение современных генетических и инструментальных методов обследования в ведении пациентов с вульгарным ихтиозом и атопическим дерматитом. Еремина А.А, Герлингер А.В., Макеенко О.А., Кох Н.В., Сергеева И.Г. Клиническая дерматология и венерология. 2023. Т. 2. № 4. С. 399-405. DOI: 10.17116/klinderma202322041399
23. Трансгенные линии индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека ICGI022-A-6 И ICGI022-A-7 с доксициклин-управляемыми вариантами программируемой нуклеазы ASCAS12A. Павлова С.В., Валетдинова К.Р., Маланханова Т.Б., Поливцев Д.Е., Малахова А.А., Григорьева Е.В., Шевченко А.И., Закиян С.М., Медведев С.П. Онтогенез. 2023. Т. 54. № 6. С. 415-428. DOI: 10.31857/S047514502306006X

• СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ СИНДРОМА РАЗДРАЖЁННОГО КИШЕЧНИКА. Власов В.В., Шевела А.И., Морозов В.В., Шрайнер Е.В., Куликов В.Г. 2017 г. № 2661624
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pSN-ZsGreen, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛКИ SOX2 И NANOG ЧЕЛОВЕКА И ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ БЕЛОК ZsGreen, ПРЕДНАЗНАЧЕННАЯ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИНДУЦИРОВАННЫХ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Медведев С.П., Шевченко А.И., Покушалов Е.А., Закиян С.М. 2013г. № 2495124.
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pSM-ZsGreen, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛКИ SOX2 И С-MYC ЧЕЛОВЕКА И ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ БЕЛОК ZsGreen, ПРЕДНАЗНАЧЕННАЯ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИНДУЦИРОВАННЫХ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Медведев С.П., Шевченко А.И., Покушалов Е.А., Закиян С.М. 2013 г. № 2477314.
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pOK-DsRed2, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛКИ ОСТ4 И KLF4 ЧЕЛОВЕКА И ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ БЕЛОК DsRed2, ПРЕДНАЗНАЧЕНАЯ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИНДУЦИРОВАННЫХ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Медведев С.П., Шевченко А.И., Покушалов Е.А., Закиян С.М. 2013 г. № 2495125.
• СПОСОБ ВОССТАНОВЛЕНИЯ КРОВОТОКА В РЕГИОНЕ ТРОМБИРОВАННОЙ ВЕНЫ В ЭКСПЕРИМЕНТЕ. Морозов В.В., Майбородин И.В., Новикова Я.В., Матвеева В.А., Шевела А.И. 2013 г. № 2490722
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pOL-DsRed2, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛКИ OCT4 И LIN28 ЧЕЛОВЕКА И ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ БЕЛОК DsRed2, ПРЕДНАЗНАЧЕННАЯ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИНДУЦИРОВАННЫХ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Медведев С.П., Шевченко А.И., Покушалов Е.А., Закиян С.М. 2013 г. № 2495126.
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДА pAd-SM, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛКИ SOX2 И C-MYC ЧЕЛОВЕКА, ЯВЛЯЮЩАЯСЯ ОСНОВОЙ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ВИРУЛЕНТНЫХ АДЕНОВИРУСОВ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫХ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИНДУЦИРОВАННЫХ ПЛЮРИПОТЕНТНЫХ КЛЕТОК ЧЕЛОВЕКА. Медведев С.П., Шевченко А.И., Покушалов Е.А., Закиян С.М. 2013 г. № 2495127.
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pSC13D6, СОДЕРЖАЩАЯ ГЕН ОДНОЦЕПОЧЕЧНОГО АНТИТЕЛА ПРОТИВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА, И ШТАММ БАКТЕРИЙ Escherichia coli BL21(DE3)/pSC13D6 — ПРОДУЦЕНТ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫХ АНТИТЕЛ ПРОТИВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА, ОБЛАДАЮЩИХ ВИРУСНЕЙТРАЛИЗУЮЩИМИ СВОЙСТВАМИ. Леванов Л.Н., Тикунова Н.В., Матвеев Л.Э., Гончарова Е.П., Юн Т.Э., Рыжиков А.Б., Матвеева В.А., Рихтер В.А. 2010 г. № 2378378.
• СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ КОЖНЫХ СТРИЙ. Шевела А.И., Бабко А.Н., Майбородин И.В., Морозов В.В., Загоруйко Т.Ю. 2010 г. № 2407555.
• ШТАММ ГИБРИДНЫХ КУЛЬТИВИРУЕМЫХ КЛЕТОК ЖИВОТНЫХ Mus. Musculus, ПРОДУЦИРУЮЩИЙ МОНОКЛОНАЛЬНЫЕ АНТИТЕЛА, СПЕЦИФИЧНЫЕ К ПЕПТИДУ, ОБЛАДАЮЩЕМУ АПОПТОТИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТЬЮ ПО ОТНОШЕНИЮ К РАКОВЫМ КЛЕТКАМ ЧЕЛОВЕКА. Матвеев Л.Э., Матвеев А.Л., Семенов Д.В., Фомин А.С., Кулигина Е.В., Матвеева В.А., Тикунова Н.В., Рихтер В.А. 2010 № 2402605.
• РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pFK2, ОБЕСПЕЧИВАЮЩАЯ СИНТЕЗ РЕКОМБИНАНТНОГО ПЕПТИДА, ЯВЛЯЮЩЕГОСЯ АНАЛОГОМ ФРАГМЕНТА КАППА-КАЗЕИНА ЧЕЛОВЕКА, СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ РЕКОМБИНАНТНОГО ПЕПТИДА И РЕКОМБИНАНТНЫЙ ПЕПТИД, АНАЛОГ ФРАГМЕНТА КАППА-КАЗЕИНА ЧЕЛОВЕКА, ОБЛАДАЮЩИЙ АПОПТОТИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТЬЮ ПО ОТНОШЕНИЮ К РАКОВЫМ КЛЕТКАМ. Тикунова Н.В., Семенов Д.В., Бабкина И.Н., Кулигина Е.В., Коваль О.А., Фомин А.С., Матвеева В.А., Матвеев А.Л., Матвеев Л.Э., Рихтер В.А. 2010 № 2401307.

• Флуоресцентный микроскоп Axio Imager M1 (Zeiss);
• криостат-микротом HM 550 (Zeiss);
• ротационный микротом HM 340 (Zeiss);
• гистологический аппарат карусельного типа STP 120 (Zeiss).
• комплекс аппаратно-программный визуализации и морфологических препаратов, анализа и регистрации оптических и морфологических показателей ВидеоТесТ.