• Совместно с ИКИ СО РАМН созданы рекомбинантные плазмиды для экспрессии искусственного белка, содержащего 11 эпитопов опухоль-ассоциированных антигенов для колоректального рака. Трансфекция рекомбинантных плазмид в дендритные клетки человека позволила достичь стимуляции специфических Т-хелперов и цитотоксических Т-лимфоцитов. [Заявка на изобретение № 2012119658, 2012 г.].
• Выявлены 6 наиболее частых мутаций генов BRCA1, обуславливающих развитие рака молочной железы у женщин, проживающих в западно-сибирском регионе РФ. Разработана и апробирована система скрининга мутаций BRCA1 (5382 insC, 300 T>G, 3819del5, 3875del4, 185 del AG, 4153 delA, 2800delAA и BRCA2 (6174delT, 9318del4 и 1528del4) с помощью «real-time» ПЦР и последующего анализа кривых плавления с высоким разрешением (HRM). Обнаружено, что носительство аллеля Т (rs1050450) гена GPX1 является протективным в отношении спорадического рака молочной железы. [Ермоленко и др., Генетика, 2010 г.].
• Проведено исследование механизмов резистентности клеток немелкоклеточного рака легких (НМРЛ) к действию таргетных противоопухолевых препаратов Nutlin-3, tenovin-6 и RITA, активирующих транскрипционный фактор р53. Определены сигнальные пути, активирующиеся в клетках резистентных к действию этих препаратов и ключевые регуляторные молекулы этих сигнальных путей (преимущественно компоненты Act и NFkB сигнальных путей). Найденные ключевые молекулы могут рассматриваться как потенциальные молекулы-мишени для комплексной противоопухолевой терапии. [Боярских У.А. и др., Молекулярная биология, 2011 г.].
• Создана и охарактеризована представительная коллекция изолятов M.tuberculosis, циркулирующих на различных территориях бывшего СНГ [Dymova et al., BMS, 2011 г]. Показано, что некоторые генетические семейства имеют ассоциацию с множественной лекарственной устойчивостью [Dymova et al., 2011г., JMM; Дымова М.А. и соавт., 2012г., MEDLINE.RU]. Проведено полногеномное секвенирование 10 изолятов M.tuberculosis. Разработан быстрый и эффективный способ скрининга известных и неизвестных мутаций с использованием HRM-PCR анализа в генах rpoB, katG и pncA, отвечающих за лекарственную устойчивость к рифампицину, изониазиду и пиразинамиду, соответственно [Заявка на изобретение № 2012108730/10, 2012 г].
• Проведено исследование влияния различных генов и негенетических параметров на вариабельность дозы варфарина среди жителей Западно-Сибирского региона. Показано, что только полиморфные локусы генов VKORC1(-1639 G>A) и CYP2C9 (*3) оказывают статистически значимое влияние на подобранную дозу варфарина в исследованной выборке (22,3% межиндивидуальной вариабельности) [Belozerceva L.A., et al,. EPMA J., 2012 г.].
• Создана программа ProcAnnot, позволяющая производить аннотацию SNP, полученных при анализе геномов разных прокариотических организмов. Помимо картирования этих снипов на гены и определения их синонимичности или несинонимичости, новая программа способна осуществлять Gene set enrichment analysis (GSEA), что позволяет определять, какие метаболические пути были преимущественно затронуты данным списком SNP.
• Проведено клонирование и экспрессия в клетках E.coli ряда термостабильных ферментов: ДНК лигаза из Pyrococcus abyssi [Закабунин и др., Молекуляр. Биология. 2011 г.]; FEN1 нуклеаза Pyrococcus abyssi, РНКаза HII и эндонуклеаза V из Thermus thermophiles, нативные и гибридные ДНК полимеразы из Geobacillus ssp 777 и Thermococcus celer. Полученные ферменты используются для разработки новых методов анализа ДНК и РНК.

Базовые проекты ПФНИ ГАН

• Проект КП ФНИ СО РАН II.1 (ГЗ № 0309-2018-0018) Блок: «Разработка мультиплексной методологии выявления SNP в геномах с.-х. животных на основе ПЦР в режиме реального времени». Проект: «Новые подходы высоко-производительного типирования структурных вариантов ДНК для селекционных исследований и разведения крупного рогатого скота, свиней и кур». (2018-2020 гг.)
• ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.2.2, 0309-2016-0007 «Развитие методов персонализированной медицины» (2017-2020 гг.)
• ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.55.1.1, 0309-2016-0002 «Биология бактериально-вирусных сообществ» (2017-2020 гг.)
• ПФНИ ГАН (2013-2020), VI.62.1.5, 0309-2016-0003 «Синтетическая биология: разработка средств манипуляции генетическим материалом и создание перспективных препаратов для терапии и диагностики» (2017-2020 гг.)

Гранты Российского научного фонда

• № 17-75-20223 мол гр «Исследование механизмов ремоделирования стенки вены при ее варикозном расширении» (2017-2020 гг.)
• № 20-15-00418 «Исследование молекулярных механизмов развития резистентности клеток опухолей с химерными NTRK белками к ингибиторам тирозинкиназ in vitro» (2020-2022 гг.)
• № 22-24-01136 «Клонирование и характеризация новых РНК-зависимых ДНК-полимераз из архей.»
• № 22-25-00832 «Выбор оптимального метода для оценки молекулярно-генетических изменений в различных типах клеток венозной стенки при варикозной трансформации»

Отчеты по проектам МинОбрНауки России

1. Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants. Gridina M., Lagunov T., Belokopytova P., Torgunakov N., Nuriddinov M., Nurislamov A., Nazarenko L.P., Kashevarova A.A., Lopatkina M.E., Vasilyev S., Zuev A., Belyaeva E.O., Salyukova O.A., Cheremnykh A.D., Sukhanova N.N., Minzhenkova M.E., Markova Zh.G., Demina N.A., Stepanchuk Y., Khabarova A., Yan A., Valeev E., Koksharova G., Grigor’eva E.V., Kokh N.V., Lukjanova T., Maximova Y., Musatova E., Shabanova E., Kechin A.A., Khrapov E.A., Boyarskikh U.A., Ryzhkova O., Suntsova M., Matrosova A., Karoli M., Manakhov A., Filipenko M.L., Rogaev E., Shilova N.V., Lebedev I.N., Fishman V.S. Genome Medicine. 2025. V. 17. I. 47. DOI: 10.1186/s13073-025-01471-3
2. Варианты нуклеотидной последовательности в генах IL4 и TNFa у пациентов с дерматозами и ксерозом. Макеенко О.А., Еремина А.А, Ковалевская-Кучерявенко Т.В., Кох Н.В., Воронина Е.Н., Юрина Н.В., Сергеева И.Г. Клиническая дерматология и венерология. 2025. Т. 24. № 2. С. 178‑184. DOI: 10.17116/klinderma202524021178
3. Сигнальные каскады – мишени для терапии рака молочной железы в свете данных полногеномного секвенирования. Гуляева Л.Ф., Филипенко М.Л., Кушлинский Н.Е. Успехи молекулярной онкологии. 2025. Т. 12. № 1. С. 8–13. DOI: 10.17650/2313-805X-2025-12-1-8-13
4. Novel multitarget LAMP and PCR assays for the detection of Bordetella species. Koryukov M.A., Oskorbin I.P., Gordukova M.A., Turina I., Aminova I.A., Filipenko M.L. Methods. 2025. V. 240. P. 63-72. DOI: 10.1016/j.ymeth.2025.04.005
5. Роль полиморфизма гена HLA-G в формировании патологии в системе “мать – плод”. Гордеева Л.А., Воронина Е.Н., Поленок Е.Г., Мун С.А., Оленникова Р.В., Гареева Ю.В., Глушков А.Н. Медицинская иммунология. 2025. Т. 27. № 2. С. 423-428. DOI: 10.15789/1563-0625-TRO-16887
6. Homologous recombination deficiency (HRD) diagnostics: underlying mechanisms and new perspectives. Kechin A.A., Koryukov M.A., Mikheeva R., Filipenko M.L. Cancer and Metastasis Reviews. 2025. V. 44. P. DOI: 19. 10.1007/s10555-024-10238-y
7. Optimization of Conditions for Production of Soluble E. coli Poly(A)-Polymerase for Biotechnological Applications. Oskorbin I.P., Kunova M.S., Filipenko M.L. Biology. 2025. V. 14. N 1. P. 48. DOI: 10.3390/biology14010048
8. Phosphoramidate Azole Oligonucleotides for Single Nucleotide Polymorphism Detection by PCR. Chubarov A.S., Baranovskaya E.E., Oscorbin I.P., Yushin I.I., Filipenko M.L., Pyshnyi D.V., Vasilyeva S.V., Lomzov A.A. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. N 1. P. 617. DOI: 10.3390/ijms25010617
9. Prevalence of Beijing Central Asian/Russian Cluster 94-32 among Multidrug-Resistant M. tuberculosis in Kazakhstan. Akhmetova A, Bismilda V, Chingissova L, Filipenko M.L., Akilzhanova A., Kozhamkulov U. Antibiotics. 2024. V. 13. N 1. P. 9. DOI: 10.3390/antibiotics13010009
10. A Novel Thermostable and Processive Reverse Transcriptase from a Group II Intron of Anoxybacillus flavithermus. Oscorbin I.P., Filipenko M.L. Biomolecules. 2024. V. 14. N 1. P. 49. DOI: 10.3390/biom14010049
11. Молекулярно-генетические аспекты варикозной болезни: современные представления. Гаврилов К.А., Сметанина М.А., Короленя В.А., Севостьянова К.С., Филипенко М.Л., Шевела А.И. Флебология. 2024. Т. 18. № 1. С. 48‑53. DOI: 10.17116/flebo20241801148
12. Loci cg06256735 and cg15815843 in the MFAP5 gene regulatory regions are hypomethylated in varicose veins apparently due to active demethylation. Smetanina M.A., Korolenya V.A., Sipin F.A., Oskorbin I.P., Sevostyanova K.S., Gavrilov K.A., Shevela A.I., Filipenko M.L. Bioscience Reports. 2024. V. 44. N 5. BSR20231938. DOI: 10.1042/bsr20231938
13. PI primers increase the efficacy of LAMP and RT-LAMP for SARS-CoV-2 and MS2 phage detection. Oskorbin I.P., Novikova L.M., Khrapov E.A., Filipenko M.L. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2024 P. 116449. DOI: 10.1016/j.diagmicrobio.2024.116449
14. A Novel Multiplex LAMP Assay for the Detection of Respiratory Human Adenoviruses. Koryukov M.A., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Gordukova M., Turina I.E., Galeeva E.V., Kudlay D.A., Filipenko M.L. Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. P. 7215. DOI: 10.3390/ ijms25137215
15. Multiplex droplet digital PCR for 22q11.2 microdeletions screening and Di- George syndrome diagnostics. Oskorbin I.P., Gordukova M.A., Davydova N.V., Zinovieva N.V., KovzeL E.F., Andries L., Kudlay D.A., Filipenko M.L. Clin. Chim. Acta. 2024 P. 1-28. DOI: 10.1016/j.cca.2024.119903
16. Взаимосвязь эффективности терапии препаратами сульфонилмочевины со структурными вариантами генов ABCC8 (rs757110) и KCNJ11 (rs5219) у больных сахарным диабетом 2 типа при различных клинических фенотипах. Бондарь И.А., Филипенко М.Л., Шабельникова О.Ю., Соколова Е.А. Сибирский научный медицинский журнал. 2024. Т. 44. № 2. С. 96–105. DOI: 10.18699/SSMJ20240212
17. A Novel Molecular-Genetic Approach to the Monitoring of Dynamics of Mitochondrial Function Improvement during Treatment. Smetanina M.A., Korolenya V.A., Filipenko M.L. Front. Biosci. 2024. V. 29. N 8. P. 297-302. DOI: 10.31083/j.fbl2908297
18. Development of a real-time PCR for the identification of Anaplasma marginale in cattle. Ostrovskii A.S., Kadyrova M.Yu., Tursunbay N.Yu., Dauletov A.E., Kassen A.M., Shevtsov A.B., Filipenko M.L., Shevtsova E.S., Mukanov K.K. Bulletin of the science of S. Seifullin Kazakh Agrotechnical S. research University: Veterinary sciences. 2024. N 2 (6). P. 10-20. DOI: 10.51452/kazatuvc.2024.2(006).1649
19. Изучение биологической активности препаратов серебра на организменной модели инфекции болезни Ньюкасла. Сумарокова А.Д., Афонюшкин В.Н., Миронова Т.Е., Черепушкина В.С., Афонюшкин А.В., Стацевич Л.Н., Сильников В.Н. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. 2024. Т. 54. № 7. C. 96-105. DOI: 10.26898/0370-8799-2024-7-10
20. Опухолеспецифичные и опухолеассоциированные антигены как мишени для иммунотерапии. Подлесная П.А., Ковалёва О.В., Малашенко О.С., Грачёв А.Н., Прищеп П.Л., Черномаз И.С., Филипенко М.Л., Кушлинский Н.Е. Технологии живых систем. 2024. Т. 21. № 3. С. 53-66. DOI: 10.18127/j20700997-202403-06
21. Симбиотическое взаимодействие микроскопических грибов и бактерий, изолированных от сельскохозяйственной птицы и свиней. Давыдова Н.В., Афонюшкин В.Н., Миронова Т.Е., Козлова О.С., Мишукова О.В. Ветеринария. 2024. № 1. С. 25-30. DOI: 10.30896/0042-4846.2024.27.1.25-30
22. Изучение влияния препарата колистина на дрожжеподобные грибы, выделенные от сельскохозяйственной птицы. Давыдова Н.В., Афонюшкин В.Н., Штепа В.Н., Баумбах О.А., Ермакова Л.П., Бардашева А.В., Тикунов А.Ю. Ветеринария. 2024. № 4. С. 10-15. DOI: 10.30896/0042-4846.2024.27.4.10-15
23. Опыт разработки наборов реагентов для выявления возбудителей клещевых инфекций методом изотермической амплификации. Комаровский Ю.Ю., Горбенко А.С., Васильева Д.И., Кузнецова Н.Н., Оскорбин И.П., Филипенко М.Л., Столяр М.А., Ольховский И.А. Лабораторная служба. 2024. Т. 13. № 2. С. 30-38. DOI: 10.17116/labs20241301130
24. Возможность использования донор-специфической бесклеточной ДНК как биомаркера для оценки функции почечного трансплантата. Субботина Т.Н., Курочкин Д.В., Шевченко А.И., Хлобыстин Р.Ю., Якименко О.Н., Наговицына Р.Ю., Оскорбин И.П., Воронина Е.Н., Филипенко М.Л. Клиническая и экспериментальная хирургия. Журнал имени академика Б.В. Петровского. 2024. Т. 12. № 2 (44). С. 13-20. DOI: 10.33029/2308-1198-2024-12-2-13-20
25. Сравнительный анализ уровней концентрации TREC и KREC у детей медико-биологического риска (ЧБД – часто болеющие дети, оперированные дети по поводу врожденного порока сердца с сочетанной тимэктомией, дети – без таковой) и условно здоровых. Ровда Ю.И., Ведерникова А.В., Шабалдин А.В., Филипенко М.Л., Синицкая А.А., Халивопуло И.К., Гришачева Е.О., Отставнов Г.А., Шкитин Я.В., Миняйлова Н.Н., Хоботкова Т.С., Дадонов В.В. Медицинская иммунология. 2024. Т. 26. № 5. С. 993-1000. DOI: 10.15789/1563-0625-CAO-16914
26. Varicose vein disease in the context of insulin resistance. Korolenya V.A., Filipenko M.L., Smetanina M.A. Vessel Plus. 2024. V. 8. P. 35-49. DOI: 10.20517/2574-1209.2024.26
27. Молекулярно-генетический анализ персональных культур клеток увеальной меланомы. Жильникова М.В., Атаманов В.В., Зверева С.П., Гайнер Т.А., Боярских У.А., Станишевская О.М., Черных Д.В., Кононова Н.В., Коваль О.А. Офтальмохирургия. 2024. V. 2S. № 140. С. 63–71. DOI: 10.25276/0235-4160-2024-2S-63-71
28. Иммунофлуоресцентная реакция агглютинации для диагностики ассоциированных инфекций свиней. Хоменко Ю.С., Деревягина Е.Ю., Афонюшкин В.Н., Ильина К.Е. Свиноводство. 2024. № 6. С. 25-30. DOI: 10.37925/0039-713X-2024-6-25-30
29. Иммуногенность и инвазивность микроорганизмов рода Bacillus при пероральном применении. Донченко Н.А., Козлова Ю.Н., Коптев В.Ю., Ян Ф., Хоменко Ю.С., Нефедова Е.В., Афонюшкин В.Н., Мишукова О.В., Ермакова Л.П., Ан К.В., Новик Я.В. Сельскохозяйственная биология. 2024. Т. 59. № 4. С. 814-825. DOI: 10.15389/agrobiology.2024.4.814rus
30. Выявление активирующих соматических мутаций в гене PIK3CA в опухолях молочной железы и определение их минимального набора для клинико-диагностического тестирования. Боярских У.А., Кечин А.А., Зюзюкина А.В., Храпов Е.А., Оскорбин И.П., Алесеенок Е.Ю., Авдиюк Г.А., Зуков Р.А., Кушлинский Н.Е., Филипенко М.Л. Альманах клинической медицины. 2024. Т. 52. № 3. С. 132-139. DOI: 10.18786/2072-0505-2024-52-017
31. Аденокарцинома эндометрия с мутациями в генах POLE, TP53 и микросателлитной нестабильностью. Чернев А.А., Кравцова Е.Д., Нечушкина В.М., Абасов Р.Х., Филипенко М.Л., Друй А.Е., Раскин Г.А. Архив патологии. 2024. Т. 86. № 6. С. 58‑62. DOI: 10.17116/patol20248606158
32. Геномные характеристики российских пациентов с немелкоклеточным раком легкого: результаты тестирования методом секвенирования нового поколения. Лактионов К.К., Гордиев М.Г., Саранцева К.А., Демидова И.А., Строгонова А.М., Филипенко М.Л., Жусина Ю.Г., Карасева В.В., Кутырина Е.Б., Казаков А.М., Соловьева М.В. Медицинский совет. 2024. Т. 21. С. 104-112. DOI: 10.21518/ms2024-541
33. A spectrum of BRCA1 and BRCA2 germline deleterious variants in ovarian cancer in Russia. Kechin A.A., Boyarskikh U.A., Barinov A., Tanas A., Kazakova S., Zhevlova A., Khrapov E.A., Subbotin S.V., Mishukova O.V., Kekeeva T., Demidova I., Filipenko M.L. Breast Cancer Res Treat. 2023. V. 197. N 2. P. 387-395. DOI: 10.1007/s10549-022-06782-2
34. Allele-Specific PCR for PIK3CA Mutation Detection Using Phosphoryl Guanidine Modified Primers. Chubarov A.S., Oskorbin I.P., Novikova L.M., Filipenko M.L., Lomzov A.A., Pyshnyi D.V. Diagnostics. 2023. V. 13. N 2. P. 250. DOI: 10.3390/diagnostics13020250
35. Selection of IS6110 conserved regions for the detection of Mycobacterium tuberculosis using qPCR and LAMP. Kechin A.A., Oskorbin I.P., Cherednichenko A., Khrapov E.A., Schwartz Y.B., Stavitskaya N., Filipenko M.L. Archives of Microbiology. 2023. V. 205. N 2. P. 71. DOI: 10.1007/s00203-023-03410-5
36. Отличия в транскриптомных профилях опухолей головного мозга и щитовидной железы с перестройкой генов NTRK. Кечин А.А., Корюков М.А., Смертина М.А., Боробова В.С., Оскорбин И.П., Иванов А.А., Бахарев С.Ю., Боярских У.А., Кушлинский Н.Е., Филипенко М.Л. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2023. Т. 175. № 1. С. 91-99. DOI: 10.47056/0365-9615-2023-175-1-91-99
37. Выявление химерных генов NTRK3 в клетках папиллярного рака щитовидной железы c помощью анализа дисбаланса экспрессии 5′ и 3′ фрагментов мРНК. Оскорбин И.П., Иванов А.А., Смертина М.А., Демидова И.А., Боярских У.А., Кечин А.А., Бахарев С.Ю., Самуйленкова О.В., Вихлянов И.В., Кушлинский Н.Е., Филипенко М.Л. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2023. Т. 175. № 2. С. 203-209. DOI: 10.47056/0365-9615-2023-175-2-203-209
38. Epigenome-Wide Changes in the Cell Layers of the Vein Wall When Exposing the Venous Endothelium to Oscillatory Shear Stress. Smetanina M.A., Korolenya V.A., Kel A.E., Sevostyanova K.S., Gavrilov K.A., Shevela A.I., Filipenko M.L. Epigenomes. 2023. V. 7. N 1. P. 8. DOI: 10.3390/epigenomes7010008
39. Исследование мутационного статуса гена FGFR3 в уротелиальной карциноме мочевого пузыря. Олюшина Е.М., Завалишина Л.Э., Алексеёнок Е.Ю., Оськина Н.А., Андреева Ю.Ю., Кузнецова О.А., Филипенко М.Л., Франк Г.А. Архив патологии. 2023. Т. 85. № 2. С. 5-12. DOI: 10.17116/patol2023850215
40. Bst polymerase — a humble relative of Taq polymerase. Oskorbin I.P., Filipenko M.L. Comput Struct Biotechnol J. 2023. V. 21. P. 4519-4535. DOI: 10.1016/j.csbj.2023.09.008
41. Микросателлитная нестабильность: нюансы лабораторной диагностики (позиция межрегиональной организации молекулярных генетиков в онкологии и онкогематологии). Демидова И.А., Филипенко М.Л., Цуканов А.С., Имянитов Е.Н. Вопросы онкологии. 2023. Т. 69. № 2. С. 174-179. DOI: 10.37469/0507-3758-2023-69-2-174-179
42. Повышение частоты аллелей ‒174G и ‒572C гена IL6 в популяциях коренных народов Сибири по сравнению с русскими. Табиханова Л.Э., Осипова Л.П., Чуркина Т.В., Ковалев С.С., Филипенко М.Л., Воронина Е.Н. Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 2. С. 350-359. DOI: 10.31857/S0026898423020210
43. Изучение влияния масляной кислоты и пропандиола на кишечник у мышей ICR. Афонюшкин В.Н., Козлова О.С., Черепушкина В.С., Миронова Т.Е., Козлова Ю.Н., Ян Ф., Коптев В.Ю., Донченко Н.А., Леденева О.Ю. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. 2023. Т. 53. № 2. С. 64-70. DOI: 10.26898/0370-8799-2023-2-8
44. Получение клеточной линии, содержащей химерный ген ETV6-NTRK3. Поиск мутаций тирозинкиназного химерного домена, вызывающих устойчивость к действию ларотректиниба. Боярских У.А., Савостьянова Т.А., Оскорбин И.П., Филипенко М.Л. Клеточные технологии в биологии и медицине. 2023. № 1. С. 20-26. DOI: 10.47056/1814-3490-2023-20-26
45. Detecting Microsatellite Instability in Endometrial, Colon, and Stomach Cancers Using Targeted NGS. Boyarskikh U.A., Kechin A.A., Khrapov E.A., Fedyanin M. Yu., Raskin G.A., Mukhina M., Kravtsova E., Tsukanov A.S., Achkasov S.I., Filipenko M.L. Cancers. 2023. V. 15. N 20. P. 5065. DOI: 10.3390/cancers15205065
46. Laminin binding surface protein as an epitope vaccine against Strep-tococcus suis by oral vector. Fudi Y., Afonyushkin V.N. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 2023. V. 1206. N 1. P. 012029. DOI: 10.1088/1755-1315/1206/1/012029
47. Изучение источников заражения цыплят-бройлеров сальмонеллами с использованием ERIC-ПЦР и реакции агглютинации с флюоресцентно-мечеными антигенами (ИРА). Грицан А.А., Черепушкина В.С., Хоменко Ю.С., Афонюшкин В.Н., Новик Я.В., Ермакова Л.П. Вестник НГАУ. 2023. № 3. С. 138-146. DOI: 10.31677/2072-6724-2023-68-3-138-146
48. Влияние сочетанного применения вакцинных штаммов эймерий на слизистую оболочку кишечника цыплят-бройлеров. Фролова О.А., Донкова Н.В., Рыбин Н.В., Холодилина М.В., Ермакова Л.П., Афонюшкин В.Н. Вестник КрасГАУ. 2023. Т. 192. № 3. С. 108-116. DOI: 10.36718/1819-4036-2023-3-108-116
49. Изучение особенностей распределения модельных коронавирусов в органах и тканях кошачьих в контексте изучения патогенеза COVID-19. Афонюшкин В.Н., Сысоева О.Е., Козлова О.С., Шамовская Д.В. Ветеринария сегодня. 2023. Т. 12. № 1. С. 38-44. DOI: 10.29326/2304-196X-2023-12-1-38-44
50. Differences in Transcriptomic Profiles of Brain and Thyroid Tumors with NTRK Gene Rearrangement. Kechin A.A., Koryukov M.A., Smertina M.A., Borobova V.S., Oskorbin I.P., Ivanov А.А., Bakharev S.Yu., Boyarskikh U.A., Kushlinskii N.E., Filipenko M.L. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2023. V. 175. N 1. P. 78-85. DOI: 10.1007/s10517-023-05815-0 перевод
51. Распространение основных стронгилятозов лошадей в провинциях Центрального Алтая. Смертина М.А., Ефремова Е.А., Марченко В.А. Теория и практика борьбы с паразитарными болезнями. 2023. № 24. С. 447-452. DOI: 10.31016/978-5-6048555-6-0.2023.24.447-452
52. Эпизоотическая ситуация по основным гельминтозам желудочно-кишечного тракта лошадей в Республике Алтай. Марченко В.А., Ефремова Е.А., Смертина М.А. Теория и практика борьбы с паразитарными болезнями. 2023. № 30. С. 290-294. DOI: 10.31016/978-5-6048555-6-0.2023.24.290-294
53. Identification of Chimeric NTRK3 Genes in Papillary Thyroid Cancer Cells by Analyzing the Imbalance of the Expression of 5’ and 3’ mRNA Fragments. Oskorbin I.P., Ivanov A.A., Smertina M.A., Demidova I., Boyarskikh U.A., Kechin A.A., Bakharev S.Yu., Samuilenkova O.V., Vihlyanov I.V., Kushlinskii N.E., Filipenko M.L. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2023. V. 175. N.2. P. 239–244. DOI: 10.1007/s10517-023-05842-x перевод
54. BRACNAC: A BRCA1 and BRCA2 Copy Number Alteration Caller from Next-Generation Sequencing Data. Kechin A.A., Boyarskikh U.A., Borobova V.S., Khrapov E.A., Subbotin S.V., Filipenko M.L. Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. N 23. P. 16630. DOI: 10.3390/ijms242316630
55. Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for chromatin conformation capture assays with S1 nuclease. Gridina M., Popov A., Shadskiy A., Torgunakov N., Kechin A.A., Khrapov E.A., Ryzhkova O., Filipenko M.L., Frishman V. Epigenetics and Chromatin. 2023. V. 16. N 1. P. 48. DOI: 10.1186/s13072-023-00524-4
56. Перспективы применения бактериофага М13 в качестве векторной вакцины против болезни ньюкасла. Козлова Ю.Н., Черепушкина В.С., Кильп А.С., Афонюшкин В.Н., Ан К.В., Донченко Н.А. Вестник Алтайского государственного аграрного университета. 2023. № 9 (227). С. 73-80. DOI: 10.53083/1996-4277-2023-227-9-73-80
57. Increased Frequencies of the ‒174G and ‒572C IL6 Alleles in Populations of Indigenous Peoples of Siberia Compared to Russians. Tabikhanova L.E., Osipova L.P., Churkina T.V., Kovalev S.I., Filipenko M.L., Voronina E.N. Молекулярная биология. 2023. V. 57. N 2. DOI: 10.1134/s002689332302019x перевод
58. Complexation of histone deacetylase inhibitor belinostat to Cu(II) prevents premature metabolic inactivation in vitro and demonstrates potent anti-cancer activity in vitro and ex vivo in colon cancer. Finnegan E., Ding W., Ude Z., Terer S., McGivern T., Blümel A., Kirwan G., Shao X., Genua F., Yin X., Kel A.E., Fattah S., Myer P.A., Cryan S‐A, Prehn H M J., O’Connor D.P., Brennan L., Yochum G.S., Marmion C.J., Das S. Cellular Oncology. 2023. V. 47. N 2. P. 533-55. DOI: 10.1007/s13402-023-00882-x
59. Перспективы создания пероральной вакцины против орнитобактериоза птиц. Афонюшкин В.Н., Коптев В.Ю., Новик Я.В., Ермакова Л.П. Вестник НГАУ. 2023. № 4 (69). С. 319-326. DOI: 10.31677/2072-6724-2023-69-4-319-326
60. Investigation of the mutational status of the FGFR3 gene in urothelial bladder carcinoma. Oliushina E.M., Zavalishina L.E., Alekseenok E.Y., Os’kina N.A., Andreeva, Yu. Yu., Kuznetsova O.A., Filipenko M.L., Frank G.A. Архив патологии. 2023. V. 85. N 2. P. 5 — 12. DOI: 10.17116/patol2023850215 перевод

1. КОМБИНАЦИЯ ГЕНОВ, КОНСТИТУТИВНО ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В ЗДОРОВЫХ И ВАРИКОЗНО-ИЗМЕНЕННЫХ ВЕНАХ. Сметанина М.А., Боярских У.А., Севостьянова К.С., Филипенко М.Л. 2018 г. № 2682745.
2. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ДОЛИ мтДНК С ДЕЛЕЦИЯМИ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦАХ. Сметанина М.А., Ширшова А.Н., Филипенко М.Л. 2018 г. № 2676897
3. СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ УСТОЙЧИВЫХ К ПИРАЗИНАМИНУ ИЗОЛЯТОВ Mycobacterium tuberculosis. Филипенко М.Л., Дымова М.А., Храпов Е.А., Боярских У.А. 2015 г. № 2552214.
4. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АНТИТЕЛ К БАКТЕРИАЛЬНЫМ АНТИГЕНАМ. Афонюшкин В.Н., Филипенко М.Л., Киревичева Анна Сергеевна, Мишукова О.В., Черепушкина В.С., Ширшова А.Н. 2015 г. № 2563885.
5. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ УРОВНЯ ТРАНСКРИПЦИИ ГЕНА, КОДИРУЮЩЕГО ХЕМОКИН CCL2 (МСР-1) ЧЕЛОВЕКА И НАБОР ДЛЯ ЕГО ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ. Филипенко М.Л., Боярских У.А., Храпов Е.А., Силков А.Н., Сенников С.В. 2014 г. № 2522801.
6. РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pCI-UB-POLYEPI, СОДЕРЖАЩАЯ ЭПИТОПЫ ОПУХОЛЬ-АССОЦИИРОВАННЫХ АНТИГЕНОВ ДЛЯ КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА, И СПОСОБ ЕЕ ПРИМЕНЕНИЯ ДЛЯ СТИМУЛЯЦИИ СПЕЦИФИЧЕСКОГО ПРОТИВООПУХОЛЕВОГО ИММУННОГО ОТВЕТА ПРОТИВ КЛЕТОК КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА. Сенников С.В., Филипенко М.Л., Курилин В.В., Куликова Е.В., Храпов Е.А., Шевченко Ю.А., Шорохов Р.В., Якушенко В.К., Соколов А.В. 2014 г. № 2507265.
7. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ МЕТОДИКА ОЦЕНКИ РИСКА ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К ТРОМБОЗУ. «Ноу-хау» (Секрет-производства). Лифшиц Г.И., Кох Н.В., Слепухина А.А., Белеванцева А.В., Филипенко М.Л., Воронина Е.Н. 2014 г.
8. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ КЛЕТОК НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКИХ К ДЕЙСТВИЮ ПРЕПАРАТОВ, РЕАКТИВИРУЮЩИХ БЕЛОК р53. Филипенко М.Л., Боярских У.А., Сметанина М.А., Кель А.Э. 2014 г. № 2509808.
9. СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ УСТОЙЧИВЫХ К РИФАМПИЦИНУ ИЗОЛЯТОВ Mycobacterium tuberculosis. Филипенко М.Л., Дымова М.А., Боярских У.А., Храпов Е.А., Петренко Т.И., Альховик О.И. 2013 г. № 2485177.
10. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АНТИГЕНОВ БАКТЕРИЙ. Афонюшкин В.Н., Филипенко М.Л., Юшков Ю.Г. 2012 г. № 2451083.
11. ЭТИДИЙ ЭТИЛСУЛЬФАТ — ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ КРАСИТЕЛЬ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ. Осадчий С.А., Филипенко М.Л., Боярских У.А. 2011 г. № 2415842.
12. СПОСОБ СЕКРЕЦИИ ЗЕЛЕНОГО ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БЕЛКА (GFP) ИЗ РАСТИТЕЛЬНЫХ КЛЕТОК. Филипенко М.Л., Храпов Е.А. 2011 г. № 2415936.
13. СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ОРНИТОБАКТЕРИОЗА У СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННОЙ ПТИЦЫ. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Афонюшкин В.Н., Дударева Е.В. 2010 г. № 2407801.
14. РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pBinPLUS-ARS-EPSPS, ОБЕСПЕЧИВАЮЩАЯ ЭКСПРЕССИЮ ГЕНА АГРОБАКТЕРИАЛЬНОЙ 5-ЕНОЛПИРУВИЛ-ШИКИМАТ-3-ФОСФАТ-СИНТЕТАЗЫ В ТРАНСГЕННЫХ МИКРОВОДОРОСЛЯХ РОДА ХЛОРЕЛЛА. Филипенко М.Л., Храпов Е.А., Тронева А.В. 2010 г. № 2407794.
15. СОСТАВ ДЛЯ ОБРАБОТКИ ПТИЦЕВОДЧЕСКИХ ПОМЕЩЕНИЙ. Афонюшкин В.Н., Филипенко М.Л., Дударева Е.В., Морозов К.В. 2010 г. № 2407545.
16. СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ РОДА SALMONELLA. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Афонюшкин В.Н., Боярских У.А., Дударева Е.В. 2009 г. № 2360004.
17. СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ КУР К ВИРУСНЫМ ИНФЕКЦИЯМ. Филипенко М.Л., Хрипко Ю.И., Морозов К.В., Афонюшкин В.Н. 2009 г. № 2352640.
18. СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ НАСЛЕДСТВЕННОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К ТРОМБОФИЛИИ. Воронина Е.Н., Филипенко М.Л. 2009 г. № 2352641.
19. РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК pBi101-IL18, КОДИРУЮЩАЯ СИНТЕЗ ИНТЕРЛЕЙКИНА-18 ЧЕЛОВЕКА В ТРАНСГЕННЫХ РАСТЕНИЯХ. Турчинович А.А., Дейнеко Е.В., Филипенко М.Л., Шумный В.К., Храпов Е.А., Сенников С.В. 2007 г. № 2302460
20. СПОСОБ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО КОМПЛЕКСА. Филипенко М.Л., Норкина О.В., Краснов В.А., Киншт В.Н. 2004 г. № 2237090

• Амплификатор Real-time CFX384 (Bio-Rad);
• амплификатор Real-time CFX96 (Bio-Rad);
• пиросеквенатор (QIAGEN);
• центрифуга Avanti J-26 XP I (Beckman Coulter);
• хроматограф DuoFlow (Bio-Rad); автоматизированная система Biomek2000 (Beckman Coulter);
• микробилогический бокс, сертифицированный по 3-4 группе биобезопасности.