Институт оснащен современным отечественным и импортным оборудованием. Обновление парка идет за счет финансовой поддержки со стороны Президиума СО РАН и дополнительного финансирования Института из полученных грантов и государственных контрактов.
1. Секвенаторы
Секвенаторы (ЦКП «Геномика» СО РАН)
2. Коллекции
Центр коллективного пользования «Коллекция микроорганизмов, содержащих плазмидные конструкции, используемые в синтетической биологии»
Центр коллективного пользования «Коллекция экстремофильных микроорганизмов и типовых культур»
3. Масс-спектрометрия
4. Микроскопия
5. Спектрофотометрия
MALDI-TOF масс-спектрометр REFLEX III (Bruker Daltonics, Германия);